در فیلم ماتریکس هکری معروف به نام "ترینیتی" ( با بازی "کری آن ماس") در هتلی توسط پلیس به دام می افتد. او به سادگی موفق به فرار از دست پلیس می شود ولی گروهی از مأموران سیاه پوش با توانایی های فرا انسانی رهبری نیروهای پلیس در عملیات یافتن او را به عهده می گیرند. ترینیتی که در باجه تلفنی محاصره شده، پس از پاسخ دادن به تلفن محو می شود، بدون آنکه اثری از او باقی بماند. "توماس اندرسون" ( با بازی "کیانو ریوز") برنامه نویس کامپیوتری است که زندگی دوگانه ای دارد و با نام مستعار "نئو" فعالیت می کند. او مدت ها است که درگیر پیدا کردن معنی کلمه "ماتریکس" است تا اینکه با ترینیتی آشنا می شود و این مقدمه بروز اتفاقات متعددی است.