دانی دارکو، نوجوانی مشکل‌دار است که در تلاش برای کنار آمدن با فشارهای اجتماعی و شخصی زندگی‌اش به سر می‌برد. در یک شب عادی، دانی به طرز معجزه‌آسایی از برخورد یک موتور جت که به خانه‌اش سقوط می‌کند، نجات می‌یابد. پس از این حادثه، دانی شروع به دیدن تصاویری از مردی مرموز در لباس خرگوش می‌کند که خود را «فرانک» معرفی می‌کند. این مرد خرگوش‌پوش، دانی را تحت تأثیر قرار داده. او را تشویق به انجام کارهایی می‌کند که به تدریج به اعمال خشونت‌آمیز و مجرمانه‌ای منتهی می‌شوند. فرانک به دانی می‌گوید که تنها چند هفته دیگر تا پایان دنیا باقی مانده است، و این پیش‌بینی باعث می‌شود که دانی به جستجوی معنای واقعی زندگی و ارتباطش با جهان و زمان بپردازد. در این مسیر، دانی به مرور دچار بحران‌های روانی می‌شود و در عین حال تلاش می‌کند تا رابطه‌اش با خانواده، دوستان و دختری به نام گرچن را حفظ کند. دانی در تلاش برای مقابله با اتفاقات مرموز و پیش‌گویی‌های فرانک، ناچار می‌شود تا با ابعاد تاریکی از خودش روبه‌رو شود.